2020年农历春节前后，新型冠状病毒肺炎疫情席卷全国。对于医务工作者而言，生命重于泰山，疫情就是命令，防控就是责任，医院就是战场。“我是科主任，让我上！”在这危险的时刻，作为科主任她临危不惧、率先垂范。在春节前夕，马爱英就主动向医院提出了支援武汉、投身疫情防控的申请，时刻准备、全力以赴、不计报酬、无论生死。在她的感召下，全科医护人员迎难而上，积极组建了疫情防控人员梯队，24小时待命随时支援，并纷纷要求加入抗击新冠肺疫情第一线。
随着济宁医学院附属医院诊断出济宁市第一例新冠肺炎病人，济宁市的疫情防控压力骤增，鉴于2003年SARS病人诊治的经验，出于政协委员的高度政治敏感性，本着对全市人民负责的态度，为更快更好的遏制疫情发展、提高救治水平、降低济宁市普通市民的恐慌情绪，马爱英及时向医院提出了“集中优势医疗力量及防控资源、对病人进行集中治疗”的“集中诊治”原则，得到了济宁市卫健委和医院的认可，全市的新冠肺炎感染病人统一收治到济宁市传染病医院进行集中诊治。随着新型冠状病毒感染病人数量的增多、病情复杂程度增高，她被济宁市卫生健康委员会任命为济宁市新冠肺炎诊治专家组成员。大年初六她根据济宁市新冠肺炎疫情防控指挥部的部署，正式入驻济宁抗疫第一线——济宁市传染病医院。
在抗击疫情过程中，她不惧危险，冲锋在前，注重团队合作，与其他专家一起共同商讨患者的治疗方案，同时发挥中国传统医学辩证施治的优势，中西医结合，根据患者的病情特点，为患者制定精准治疗方案，实行“一人一案”。为进一步提高救治水平，她广泛收集国内外关于新冠肺炎治疗的最新进展，并将整理的资料与全体专家组成员进行共享。无论白天或黑夜，始终保持待命状态，在接到收治病人信息的第一时间到达专家会诊室，详细采集病史、阅读检查结果，再结合患者的临床表现，制定诊疗计划，工作至凌晨是“家常便饭”。高负荷的工作对于自己的身体是一个巨大的考验，每天当她拖着疲惫不堪的身躯回到宿舍的时候，除却对家人的思念，总是感到无比的欣慰和自豪，自己没有陪在家人身边，但却让更多病人的家庭看到了希望，践行了自己作为一名医生的职责和“希波克拉底宣言”。
疫情早期，为了节约防护用品，专家组成员尽量减少非必要进入隔离病房的次数，但三十余年的临床经验及“重症”诊治思维告诉自己，“只有离病人越近才会离真相越近”，特别对于一些重症患者，任何一个忽视的细节都可能导致无法挽回的后果。因此，她想方设法运用现代化手段查看患者状态、了解各器官功能、全面整体的评估患者，仔细发现患者病情可能出现变化的临床征象，在对临床医护人员进行预警的同时，及时修订诊疗方案；同时积极与患者进行沟通交流，解除思想顾虑，提高其战胜疾病的信心。有一个吴姓青年病人，由于对疾病本身的恐惧，和一些负面报道的压力，病人患上了严重的抑郁症，情绪低落，对治疗不配合，病情愈发严重；通过她坚持不懈每日与患者进行情感交流沟通，了解思想动态，增强其战胜病魔的信心，疏导负性情绪，患者病情逐渐稳定，情绪逐渐好转，最终痊愈出院。
在济宁市疫情逐渐好转的情况下济宁市传染病医院开始陆续收治来自菏泽及枣庄地区的确诊患者，病人数量的增多使她肩上的压力越来越大，压力未能击垮她抗疫到底的决心，反而更加激发了她的工作热情，病人的救治工作有条不紊。
马爱英共参与了济宁市本地60名、菏泽枣庄24名新冠肺炎患者的诊治，为济宁市确诊患者全部清零，济宁枣庄菏泽三市患者全部治愈出院，新冠肺炎患者零死亡，医护人员零感染，圆满完成疫情救治任务，打赢这场没有硝烟的战争，做出了重要的贡献。
